Quand on discute le rôle physiologique de l'hymen, aucune réponse n'est valable, et l'hymen fait partie de ces rares organes que la médecine n'a pas encore pu identifier le rôle ou les fonctions.
Les hypothèses orientent vers l'absence d'une fonction spécifique, et le rôle de l'hymen comme un mécanisme de défense passive pour protéger le vagin des fillettes contre les germes. Le vagin chez les petites filles est fragile en raison de l'absence des hormones et de flore vaginale. Ce vagin est nomme en médecine vagin atrophique, l'hymen joue le rôle de barrière contre les infections.
D'autres hypothèses décrivent une fonction protectrice aidant à prévenir l'introduction des objets dans le vagin, un jeu que les jeunes filles pratiquent parfois.
L'hymen est un organe important dans la médecine légale dans la recherche des traces de viol ou d'inceste.
Le concept d'hymen intact est problématique, ancien, utilisé par de nombreuses cultures pour témoigner la pureté de la filiation. Ce concept est aussi une des bases de la religion chrétienne avec le symbole de la vierge Marie.
A travers l'histoire, toutes les cultures sans exception, y compris la culture occidentale ont interdit l'activité sexuelle hors mariage, et l'hymen intact fut témoin et preuve de pureté de filiation et de virginité.
La culture européenne a abandonné partiellement le concept de la virginité, cela remonte aux années après la deuxième guerre mondiale et de la révolution sexuelle des années 60 encouragé par la culture féministe.
Médicalement le concept d'un hymen "intact" est compliqué. Les militants anti- virginité disent que l'hymen intact est un mythe en raison de forme variable de l'hymen. C'est une vérité partielle, car la rupture de l'hymen est admise, documentée et décrite en médecine légale.
L'utilisation de l'hymen comme preuve d'activité sexuelle nécessite un réel savoir en médecine légale, et les preuves « populaires et culturelles » de la virginité ne sont pas toujours valables, certaines filles n'ont pas d'hymen à la naissance, d'autres ont des formes d'hymen qui permettent la pénétration sans se déchirer, d'autres sont d'une fragilité excessive.
L'hymen peut être déchiré par les doigts, les tampons ou par certaines activités physiques ou masturbatoires, dans d'autres cas, l'hymen peut être si élastique qu'il se plie pendant la pénétration laissant le pénis combler le vagin sans se déchirer.
La rupture de l'hymen peut s'accompagner de saignement, dit nuptial, mais de nombreux cas, ce saignement est minime, ou absent.